Wszczęcie kontroli podatkowej powinno być zasadniczo poprzedzone pisemnym zawiadomieniem o zamiarze jej wszczęcia. Coraz częściej jednak organy skarbowe wykorzystują w tym celu przepisy ordynacji podatkowej, które pozwalają na wszczęcie kontroli podatkowej bez uprzedzenia.

1. Jeżeli podatnik wystąpił o zwrot VAT (nadwyżki podatku naliczonego nad należnym)

W tym przypadku organ skarbowy nie ma obowiązku zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli. Ma ona na celu sprawdzenie zasadności zwrotu.

2. Przeciwdziałanie popełnienia wykroczenia lub przestępstwa skarbowego – najczęstsze

Jeśli organ skarbowy ma podejrzenie, że przedsiębiorca popełnił lub może popełnić wykroczenie lub przestępstwo skarbowe, to w celu zapobieżeniu temu zjawisku, posiada uprawnienie do nagłego wszczęcia kontroli. Jest to kontrola na legitymację. W praktyce kontrolujący wszczynający nagłą kontrolę, najczęściej powołują się na tę podstawę.

3. Kontrola wszczęta w celu prowadzenia postępowania przygotowawczego

Naczelnicy urzędów skarbowych są podmiotami uprawnionymi do prowadzenia postępowania przygotowawczego w celu ujawnienia przestępstw skarbowych np. na żądanie prokuratury.

4. Kontrola w sprawie przychodów nieznajdujących pokrycia lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych

Kolejnym przypadkiem, w którym organy nie muszą zawiadamiać o zamiarze wszczęcia kontroli jest prowadzenie postępowania w sprawie kontroli przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych. Jeśli organ podejrzewa, że wydatki podatnika są niewspółmierne do osiąganych dochodów. Brak konieczności zawiadamiania jest podyktowany ograniczeniem możliwości fałszowania przez podatników dokumentów dowodzących o osiągniętym źródle dochodu np. umowy darowizny, umowy pożyczki.

5. Niezgłoszona działalność gospodarcza

Wiele podmiotów ukrywa faktyczne prowadzenie działalności gospodarczej. Często wynika to z niewiedzy podatnika, że dana aktywność może w świetle przepisów świadczyć o profesjonalnych działaniach podobnych do tych, jakie podejmują przedsiębiorcy. Branżą narażoną na tego typu uchybienia jest branża handlowa.

6. Kontrola kas fiskalnych

Są to tzw. kontrole doraźnie mające na celu  sprawdzenie sposobu ewidencjonowania obrotu za pomocą kasy fiskalnej, czy samego używania kasy fiskalnej. Najczęściej chodzi o sytuację, w której kontrolujący zachowujący się jak klienci (konsumenci) danego przedsiębiorcy sprawdzają, czy ten dokonując sprzedaży, po pierwsze ewidencjonował transakcję, a pod drugie, czy wydał paragon.

Organy skarbowe dysponują jeszcze wieloma podstawami prawnymi, które zwalniają z obowiązku wcześniejszego zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli i są to m.in.:

  • przeciwdziałanie praniu brudnych pieniędzy,
  • kontrola faktu zawieszenia działalności gospodarczej,
  • prawomocne skazanie podatnika za przestępstwo skarbowe,
  • zobowiązanie w postępowaniu egzekucyjnym,
  • brak miejsca zamieszkania lub siedziby podatnika.