Kontrola podatkowa, co do zasady powinna zostać poprzedzona zawiadomieniem o zamiarze wszczęcia kontroli. Obowiązek ten wynika z realizacji zasady zaufania, to znaczy że organy podatkowe powinny prowadzić kontrolę w sposób budzący do nich zaufanie. Jest to również realizacja zasady demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji RP).

Podjęcie czynności kontrolnych  przez naczelników urzędów skarbowych jest możliwe po doręczeniu kontrolowanemu podmiotowi zawiadomienia. Instytucja ta ma na celu ochronę kontrolowanego przed dezorganizacją prowadzonej działalności gospodarczej. Jest to też również czas dla przedsiębiorcy do przygotowania się do kontroli podatkowej – przygotowanie stosownej dokumentacji oraz jej ewentualne uzupełnienie.

Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli sporządzane jest według wzoru i powinno zawierać:

  1. Oznaczenie organu kontroli,
  2. Datę i miejsce wystawienia,
  3. Oznaczenie kontrolowanego,
  4. Wskazanie zakresu kontroli,
  5. Pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji,
  6. Podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia.

Wszczęcie kontroli może nastąpić w okresie od 8 do 30 dnia od doręczenia zawiadomienia. Oznacza to, że jeśli organ nie przystąpi do kontroli w tym terminie, jest zobligowany do ponownego wystosowania zawiadomienia do przedsiębiorcy.

Powyższe oznacza, że przedsiębiorca powinien dokładnie przeanalizować, jakiego podatku dotyczyć ma kontrola oraz za jaki okres oraz, czy kontrola została wszczęta w ustawowym terminie.

Istnieją również przesłanki wyłączające konieczność zawiadamiania przedsiębiorcy o zamiarze wszczęcia kontroli, a ona sama może być prowadzona nagle.