Naczelnicy urzędów skarbowych coraz częściej przedłużają dokonanie zwrotu podatku VAT dla podatników. Urzędnicy stają się sprawniejsi oraz coraz bardziej zdeterminowani, aby maksymalnie opóźnić dokonanie przelewu na konto podatnika. Przekonuje się o tym coraz liczniejsza grupa przedsiębiorców.

Podatnicy, którzy złożyli deklarację VAT-7 i wykazali  w niej nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy, mają prawo zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oczekiwać, że zwrot podatku nastąpi w terminie 60 lub 25 dni od dnia złożenia deklaracji. W praktyce podatnicy zamiast 60 dni czekają na zwrot kilka miesięcy lub kilka lat. Organy skarbowe uzasadniają wstrzymanie zwrotu podatku koniecznością przeprowadzenia dodatkowej weryfikacji. Naczelnik urzędu skarbowego może ten termin wielokrotnie wydłużyć. Zgodnie z art. 274b § 1 Ordynacji podatkowej, jeśli przed podjęciem czynności sprawdzających lub w trakcie ich przeprowadzania okaże się, że nie będą one mogły zostać zakończone we wskazanym terminie, organ może przedłużyć termin zwrotu VAT do czasu zakończenia tych czynności.

W tego typu sytuacjach podatnik powinien zaskarżyć postępowanie. Sądy administracyjne w wielu wyrokach stanęły po stronie podatników. W uzasadnieniach wyroków wskazują, że organy skarbowe niedostatecznie uzasadniają potrzeby dodatkowej weryfikacji rozliczeń podatku VAT. Dodatkowo w tezie uchwały siedmiu sędziów NSA stwierdzono, iż w przypadku przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku w związku z weryfikacją prowadzoną na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT w ramach czynności sprawdzających, o których mowa w dziale V Ordynacji podatkowej, nie jest możliwe żądanie od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Analiza treści uzasadnienia tej uchwały wskazuje przy tym, że została ona podjęta w stanie faktycznym analogicznym do okoliczności faktycznych rozpoznawanej aktualnie sprawy.

Powyższe oznacza, że organy skarbowe nie powinny uzależniać przedłużenia zwrotu podatku VAT od krzyżowych kontroli przeprowadzanych o kontrahentów podatnika ubiegającego się o zwrot VAT.